성전환 치료란 트랜스젠더가 변화되길 원하는 성으로 행복하게 살 수 있게 도와주는 치료를 말한다. 성전환이란 용어를 빼고 성 주체성 위화감을 장애와 다른 것이라고 보는 취지에서 '치료'라는 말까지 뺀 채 (트랜스젠더의) 의료적 조치라고 일컫는 경우도 있다.

성기수술 뿐 아니라 가슴성형, 얼굴 여성화 수술등 넓은 의미의 성전환 수술, 호르몬 대체 요법, 정신건강을 위해 실시되는 정신과 상담과 진단, 제모, 음성 여성화 수술이나 발성훈련 등도 모두 포함하는 것이 원칙이다.

사회의 인식은 아직 낮은 편이다. 트랜스젠더 당사자나 의학계, 앨라이가 아니면 '성전환 치료' 또는 '의료적 조치'에 관해서는 성기수술 하나 말고는 모르는게 일반적이다. 그러나 잘 아는 사람 입장에서도 이를 '치료'라고 부를 수 있을지는 의문이다. 줄기세포로 온 몸의 유전자를 XX 또는 XY로 치환하는 정도로 의술이 발전하지 않는 이상[1] 완벽한 성전환 치료는 없기 때문. 그저 호르몬으로 원하는 성별의 외관을 만들어주고 성기를 바꿔주는 정도에 지나지 않는게 현실이다. 호르몬이 2차 성징에 관여하는 바가 크기는 하나, 신체적 성의 결정과 내분비 균형에 대해서는 기본적으로 갖고 태어난 유전자 지도의 영향도 지대하므로[2] 각종 부작용이 따르기도 한다. 결국 정신적인 치료를 위해 신체적인 부작용을 감수한다고 보면 될 것이고 선택은 본인의 몫일 것이다. 트랜스젠더 중에서도 이 때문에 성전환을 하지 않는 사람도 많고 이를 치료라고 생각하지 않는 경우도 많은 편이다.